Das Konsortium für Funktionellen Glycomics (CFG) ist eine große Forschungsinitiative gefördert 2001 durch eine Leim-Bewilligung vom Nationalen Institut für Allgemeine Medizinische Wissenschaften (NIGMS), um Paradigmen durch der Wechselwirkungen des Protein-Kohlenhydrats mittelbare Zellkommunikation "zu definieren". Um dieses Ziel zu erreichen, studiert der CFG die Funktionen:

• die drei Hauptklassen von glycan-verbindlichen Säugetierproteinen (GBPs): C-Typ lectin, galectin, und SIGLEC
• geschützte Empfänger, die Kohlenhydrate binden: CD1, T Zellempfänger und Antikohlenhydrat-Antikörper
• GBPs von Kleinstlebewesen, die binden, um Zelle glycans als Empfänger zu veranstalten.

Der CFG umfasst acht Kernmöglichkeiten und 500 + teilnehmende Ermittlungsbeamte, die zusammenarbeiten, um Mittel und Dienstleistungen zu entwickeln und sie zur wissenschaftlichen Gemeinschaft kostenlos bereitzustellen. Die durch diese Mittel erzeugten Daten werden in Datenbanken gewonnen, die durch das Funktionelle Glycomics Tor, eine Webquelle zugänglich sind, die durch eine Partnerschaft zwischen dem CFG und der Natur-Verlagsgruppe aufrechterhalten ist.

Organisation

Der CFG wird aus drei Hauptbestandteilen zusammengesetzt: die Teilnehmenden Ermittlungsbeamten, die Kerne und der Lenkungsausschuss.

Teilnehmende Ermittlungsbeamte

Der Fortschritt zur gesamten Absicht des CFG wird durch die Forschung von mehr als 500 Teilnehmenden Ermittlungsbeamten (PI) um die Welt gesteuert, deren Laboratorien Mittel, Dienstleistungen und durch die CFG wissenschaftlichen Kerne erzeugte Daten verwerten.

Das PI ist der größte Bestandteil des Programms, fortsetzend, mit neuen Mitgliedern jedes Jahr zu wachsen. Jedes PI hat auch ein Programm der Forschung im Rahmen des CFG, der durch das Non-CFG-Kapital unterstützt ist. Ermittlungsbeamte beantragen Mitgliedschaft und müssen eine geförderte Bewilligung im Rahmen des CFG haben, aber sie sind nicht erforderlich, sich dem CFG anzuschließen, um auf Mittel zuzugreifen. Mehreres PI hat auch Überbrücken-Bewilligungen CFG-finanziell-unterstützt, die in erster Linie daran gebunden werden und die Absichten der wissenschaftlichen Kerne zu Gunsten des ganzen PIS ermöglichen.

Das PI wird in 10 von Untergruppe-Führern geführte Untergruppen organisiert:

• Kleinstlebewesen-Anerkennung des Gastgebers glycans
• Geschützte Anerkennung von glycans
• Glycans in der geschützten Zellkommunikation
• Glycans in der Entwicklung und Physiologie
• Glycans in der Krebs-Biologie
• Glycans in der Protein-Angleichung und Funktion
• Analytischer glycomics
• Chemische Synthese und glycan ordnen mikro
• 3. Struktureller glycobiology
• Bioinformatics

Die Untergruppen halten mindestens drei Werkstätten pro Jahr, wo sie mehrere Arbeitsgruppen zum Einfluss CFG gebildet haben, der in ihren Anstrengungen finanziell unterstützt, GBP Biologie zu definieren. PI-Beiträge zum Aufklären von Paradigmen, die GBP-Funktion definieren, werden in den Datenbanken des CFG, sowie Forschungsveröffentlichungen und Übersichtsartikeln gewonnen.

Kerne

Die Mehrheit des CFG-Kapitals wird in den wissenschaftlichen Kernen investiert, die dafür verantwortlich sind, neuartige Mittel, neue Technologien und eine Plattform der Information zu erzeugen, die Ermittlungsbeamte in ihrer Forschung verwenden. Die acht CFG Kerne werden unten beschrieben:

• Verwaltungskern (A), gelegen am Scripps Forschungsinstitut, unterstützt den CFG Lenkungsausschuss, Kerne, und teilnehmende Ermittlungsbeamte, Plan-Sitzungen und Werkstätten, veröffentlicht ein vierteljährliches Rundschreiben, erleichtert Quellenbitten, verfolgt CFG-zusammenhängende Veröffentlichungen, und schreibt Zwischenberichte NIGMS. Entkernen Sie auch Arbeiten nah mit dem Kern B, um neuen Inhalt für die Funktionelle Glycomics Tor-Seite zu aktualisieren und zu entwickeln.
• Bioinformatics Core (B), gelegen am Institut von Massachusetts für die Technologie, ist für das Erwerben, die Speicherung und die Verbreitung aller CFG-zusammenhängenden Daten und Information verantwortlich. Für diesen Zweck Core arbeitet B mit der Natur-Verlagsgruppe, um die Funktionelle Glycomics Tor-Seite des CFG zu entwickeln. Hier hat Core B komplizierte Verwandtschaftsdatenbanken gebaut, um verschiedene Dateien zu integrieren, die durch die CFG wissenschaftlichen Kerne und teilnehmenden Ermittlungsbeamten, sowie Dateien von anderen öffentlichen Datenbanken erzeugt sind. Um die Brauchbarkeit dieser Datenbanken Core zu vergrößern, arbeitet B mit den wissenschaftlichen Kernen zusammen, um bioinformatics Werkzeuge für das Datenbergwerk und die Vorhersage zu entwickeln
• Analytischer Glycotechnology Kern (C), gelegen in der Reichsuniversität London, bietet Massenspektrometrie an, die des Proteins N- und O-linked glycans von Säugetierzellen mit dem höchsten Vorrang Kopierfräs-ist, der reinen Bevölkerungen des Menschen oder der murine geschützten Zellen gegeben ist.
• Glycan Reihe-Synthese-Kern (D), gelegen am Scripps Forschungsinstitut, erzeugt und sammelt Kohlenhydrat-Zusammensetzungen (Monosaccharid, disaccharides, usw.), glycan-verbindliche Proteine und anti-glycan Antikörper für den Vertrieb Ermittlungsbeamten. Viele dieser Reagenzien wurden von teilnehmenden Ermittlungsbeamten großzügig beigetragen. Kern D synthetisiert auch glycans dafür und druckt den CFG glycan Reihe (sieh Kern H unten)
• Genmikroreihe-Kern (E), gelegen am Scripps Forschungsinstitut, Proben der Schirme RNA, die von Ermittlungsbeamten auf einer kundenspezifischen glycogene Span-Reihe das entwickelte Verwenden der Technologie von Affymetrix zur Verfügung gestellt sind. Der Span enthält Untersuchungssätze, die entworfen sind, um den Ausdruck ungefähr 2000 Mensch und Maus-Gene, einschließlich glycosyltransferases, glycan-verbindlicher Proteine, glycan Degradierungsproteine, Zwischenzellprotein-Transportproteine, Zuckertransportvorrichtungen, Festkleben-Moleküle, interleukins, mucins, Wachstumsfaktoren, cytokines, chemokines, und mehr zu kontrollieren.
• Maus Transgenics Kern (F), früher gelegen am Scripps Forschungsinstitut, wird jetzt geschlossen. Von 2001-2009 hat Kern F 26 ganze und bedingte Knock-Out-Maus-Linien erzeugt, die an glycan-verbindlichen Proteinen oder glycosyltransferases unzulänglich sind. Der ganze Kern F Beanspruchungen wird jetzt an Mutant Mouse Regional Resource Center (MMRRC) an der Universität Kaliforniens, Davis oder Dem Laboratorium von Jackson (Jax) archiviert. Als ein Dienst zur Gemeinschaft erhält der CFG noch eine Seite im Funktionellen Glycomics Tor aufrecht, um Ermittlungsbeamten zu helfen, potenzielle Quellen von glycogene Knock-Out-Maus-Linien ausfindig zu machen:

• Maus-Phänotyp-Kern (G), gelegen am Sanford-Burnham Medizinisches Forschungsinstitut, Arbeiten mit dem teilnehmenden Ermittlungsbeamten "Mentoren", um die Histologie, hematology, den Metabolismus, die immunologische Funktion und das Verhalten von F-generated Kernmaus-Linien zu bewerten, um die phenotypic Ergebnisse zu beschreiben, einen oder mehr glycogenes zu löschen. Nach Belieben des Maus-Unterausschusses bewertet Kern G auch gelegentlich von Ermittlungsbeamten zur Verfügung gestellte Maus-Linien.
• Wechselwirkungskern des Proteins-Glycan (H), gelegen an der Universität von Emory, analysiert Ermittlungsbeamter-erzeugten lectins, Antikörper, Antiseren, Kleinstlebewesen, oder hat glycan-verbindliche Proteine des Menschen, des Tieres und der mikrobischen Ursprünge auf einer Säugetierglycan-Reihe verdächtigt, Kohlenhydrat-Genauigkeit zu bestimmen und spezifischen ligands zu identifizieren. Die jetzige Version der Reihe (v4.1), entwickelt und gedruckt durch den Kern D, enthält 465 verschiedene glycans.

Lenkungsausschuss

Der CFG wird von einem Lenkungsausschuss geführt, der von James Paulson, Dr., Professor am Scripps Forschungsinstitut und Hauptermittlungsbeamtem der CFG-Leim-Bewilligung den Vorsitz geführt ist. Elf zusätzliche glycomics Experten und ein NIGMS wissenschaftlicher Offizier setzen den Rest des Komitees zusammen.

Fünf Unterausschüsse beaufsichtigen die Kerne und machen Empfehlungen zum Lenkungsausschuss bezüglich Quellenprioritäten und Technologieentwicklung: Bioinformatics Unterausschuss, Glycan Bibliotheksunterausschuss der Reihe/Kohlenhydrats, Glycan Analyse-Unterausschuss, Maus-Unterausschuss und Nomenklatur-Unterausschuss.

Mittel

Die CFG Mittel und Dienstleistungen, die oben beschrieben sind, sind für den Gebrauch von Ermittlungsbeamten frei, die die komplizierte Biologie studieren, die die Wechselwirkungen von glycan-verbindlichen Proteinen und ihrem ligands in der vermittelnden Zellkommunikation regelt.

Mittel können durch das Einreichen einer Form an der Funktionellen Glycomics Tor-Website gebeten werden. Sobald eine Bitte erhalten wird, prüft der passende Kerndirektor sie nach und setzt sich mit dem Ermittlungsbeamten in Verbindung, wenn mehr Information erforderlich ist. Sobald der Kerndirektor eine Bitte beendet und bestimmt, ob der Kern zur Erfüllung davon fähig ist, prüft der CFG Lenkungsausschuss die Bitte um die Endbilligung nach.

Die Mitgliedschaft im CFG ist nicht eine Voraussetzung, um Mittel, aber eine Einrichtung eines Ermittlungsbeamten zu erhalten, muss die Daten des CFG gutheißen, die Abmachung teilen, um den Quellenbitte-Prozess zu vollenden.

Datenbanken

Daten, die durch CFG wissenschaftliche Kerne mit Proben erhalten sind, die durch das PI und die Daten vorgelegt sind, die von Ermittlungsbeamten in ihren eigenen Laboratorien mit CFG Mitteln erhalten sind, werden in die CFG Datenbanken für die Verbreitung Ermittlungsbeamten und zur wissenschaftlichen Gemeinschaft geladen. Spezialisierungsdatenbanken für GBPs, glycan Strukturen und glycosyltransferases werden entworfen, um zu helfen, Daten zu integrieren und Fortschritt gegen die gesamte Absicht zu bewerten.

Die leichteste Weise, die ganze CFG-zusammenhängende Information zu durchsuchen, soll in ein Schlüsselwort (z.B "galectin-1", "sialic Säure", usw.) oder IUPAC Kohlenhydrat-Nomenklatur im Suchkasten an der Oberseite vom Funktionellen Glycomics Tor eingehen.

Finanzierung

2001 wurde der CFG einer fünfjährigen Leim-Bewilligung von $ 34 Millionen von NIGMS zuerkannt. 2006 wurde die CFG-Leim-Bewilligung seit weiteren fünf Jahren mit zusätzlichen $ 40.7 Millionen erneuert. Leim-Bewilligungsfinanzierung wird am 31. August 2011 enden. Der CFG plant, Stellvertreter zu suchen, der finanziell unterstützt, um viele Aspekte des CFG außer der Leim-Bewilligungsfinanzierungsperiode fortzusetzen.

Links

• Funktionelles Glycomics Tor (CFG Einstiegsseite)
• Das Konsortium Vierteljährliches Rundschreiben
• Liste von CFG teilnehmende Ermittlungsbeamte
• CFG Mittel
• CFG Datenbanken
• Was am CFG neu