Johann Jakob Scherer (am 10. November 1825 - am 23. Dezember 1878) war ein schweizerischer Politiker.

Er wurde zum schweizerischen Bundesrat am 12. Juli 1872 gewählt und ist im Amt am 23. Dezember 1878 gestorben. Er wurde in die Freie demokratische Partei der Schweiz aufgenommen.

Während seiner Amtsperiode hat er die folgenden Abteilungen gehalten:

• Abteilung der Finanz (1872-1873)
• Abteilung der Eisenbahn und des Handels (1873-1874)
• Politische Abteilung (1875)
• Militärische Abteilung (1876-1878)

Er war Präsident des Bündnisses 1875.

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