GROMOS ist ein Kraft-Feld für die molekulare Dynamik-Simulation, die an der Universität von Groningen und an Computer-Aided Chemistry Group am Laboratorium für die Physische Chemie am ETH Zürich entwickelt ist.

Das vereinigte Atom-Kraft-Feld wurde in Bezug auf die kondensierten Phase-Eigenschaften von alkanes optimiert.

GROMOS ist auch der Name für das molekulare mit diesem Kraft-Feld vereinigte Dynamik-Simulierungspaket.

Versionen

GROMOS87

Aliphatic und aromatische Wasserstoffatome wurden implizit durch das Darstellen des Kohlenstoff-Atoms eingeschlossen und haben Wasserstoffatome als eine einzelne Gruppe beigefügt, die auf das Kohlenstoff-Atom, ein vereinigtes Atom-Kraft-Feld in den Mittelpunkt gestellt ist. Die Rahmen von van der Waals wurden aus Berechnung der Kristallstrukturen von Kohlenwasserstoffen und Berechnungen auf Aminosäuren mit kurzen (0.8-nm) nichtverpfändeten Abkürzungsradien abgeleitet.

GROMOS96

Ein wesentlicher schreibt vom Simulierungspaket um wurde 1996 veröffentlicht.

Das Kraft-Feld wurde auch z.B folgendermaßen verbessert: Aliphatic CH Gruppen wurden als vereinigte Atome mit Wechselwirkungen von van der Waals vertreten, die auf der Grundlage von einer Reihe von molekularen Dynamik-Simulationen wiederparametrisiert sind

Musterflüssigkeit alkanes das Verwenden langer (1.6-nm) nichtverpfändeter Abkürzungsradien.

Diese Version wird ständig raffiniert, und mehrere verschiedene Parameter-Sätze sind verfügbar.

GROMOS05

Eine aktualisierte Version des Simulierungspakets wurde 2005 eingeführt.

GROMOS11

Auf die GROMOS aktuelle Ausgabe wird im Mai 2011 datiert.

Parameter-Sätze

Einige der forcefield Parameter-Sätze, die auf dem GROMOS forcefield basieren. Abneigung ist für die Anwendung auf wässrige oder apolar Lösungen von Proteinen, nucleotides und Zucker, und B-Version ist für die Simulation von isolierten Molekülen (Gasphase).

54

• 54A7 - 53A6 genommene und angepasste Torsional-Winkelbegriffe, um spiralenförmige Neigungen besser wieder hervorzubringen, hat N-H, C=O Repulsion, neue CH-Anklage-Gruppe, parameterisation von Na + und Kl. verändert - um freie Energie der Hydratation und neuen unpassenden Dieder zu verbessern.
• 54B7 - 53B6 in vacuo, der genommen und auf dieselbe Weise wie 53A6 zu 54A7 geändert ist.

53

• 53A5 - optimiert durch die erste Anprobe, um die thermodynamischen Eigenschaften von reinen Flüssigkeiten einer Reihe von kleinen polaren Molekülen und des solvation freien enthalpies von Aminosäure-Analoga in cyclohexane wieder hervorzubringen, ist eine Vergrößerung und das Umnummerieren 45A3.
• 53A6 - 53A5 genommene und angepasste teilweise Anklagen, um Hydratation freier enthalpies in Wasser wieder hervorzubringen, das für Simulationen von biomolecules in ausführlichem Wasser empfohlen ist.

45

• 45A3 - passend für die Anwendung auf lipid Anhäufungen wie Membranen und micelles, für Mischsysteme von aliphatics mit oder ohne Wasser, für Polymer und andere apolar Systeme, die mit verschiedenem biomolecules aufeinander wirken können.
• 45A4 - 45A3 wiederparametrisiert, um DNA-Darstellung zu verbessern.

43

• 43A1
• 43A2

Siehe auch

• GROMACS
• MOSCITO
• Ascalaph Entwerfer
• Software für die molekulare Mechanik, modellierend
• Kraft-Felddurchführung

Außenverbindungen

• http://www.gromos.net