Geschmolzenes Kügelchen

Der Begriff geschmolzenes Kügelchen (MG) wurde zuerst von A. Wada und M Ohgushi 1983 ins Leben gerufen. Es wurde zuerst in cytochrome c gefunden, der einen einem Eingeborenen ähnlichen sekundären Struktur-Inhalt, aber ohne das dicht gepackte Protein-Interieur, unter dem niedrigen pH und der hohen Salz-Konzentration erhält. Für cytochrome c und einige andere Proteine ist es gezeigt worden, dass der geschmolzene Kügelchen-Staat ein "thermodynamischer Staat" klar verschieden sowohl vom Eingeborenen als auch vom denaturierten Staat ist, zum ersten Mal die Existenz eines Drittels equilibirum (d. h., Zwischenglied) Staat demonstrierend.

Der Begriff "geschmolzenes Kügelchen" wird jetzt erweitert, um verschiedene Typen teilweise gefalteter Protein-Staaten einzuschließen, die im milden Denaturieren von Bedingungen wie niedriger pH (allgemein pH = 2), milder denaturant oder hohe Temperatur gefunden sind. Geschmolzene Kügelchen werden zusammengebrochen und haben allgemein eine einem Eingeborenen ähnliche sekundäre Struktur, aber eine dynamische tertiäre Struktur, wie gesehen, bei weitem und in der Nähe von der Spektroskopie des Circulardichroismus (CD) beziehungsweise. Diese Charakterzüge sind denjenigen ähnlich, die in den vergänglichen Zwischenstaaten beobachtet sind, die während der Falte von bestimmten Proteinen, besonders kugelförmige Proteine gefunden sind, die hydrophoben Zusammenbruch, und deshalb erleben, der Begriff "geschmolzenes Kügelchen" wird auch gebraucht, um sich auf bestimmte Protein-Falte-Zwischenglieder entsprechend dem schmäler werdenden Gebiet des sich faltenden Trichters höher in der Energie zu beziehen, als der heimische Staat, aber tiefer als der denaturierte Staat. Wie man denkt, sind die geschmolzenen Kügelchen-Ensembles, die während der Protein-Falte und des Entfaltens probiert sind, grob ähnlich.

Wie man

glaubt, hat die MG-Struktur an der nahen Verpackung von Aminosäure-Seitenketten Mangel, die den heimischen Staat (N) von einem Protein charakterisieren. Der Übergang von einem denaturierten (U) Staat zu einem geschmolzenen Kügelchen kann ein zwei Zustandprozess sein

: U  MG

Oder es kann ein dauernder Übergang, ohne cooperativity und keinen offenbaren "Schalter" von einer Form bis den anderen sein. Die Falte von einigen Proteinen kann als ein kinetischer Drei-Staaten-Prozess modelliert werden:

: U  MG  N

Eine der Schwierigkeiten in de novo Protein-Design erreicht die Seitenkettenverpackung musste einen stabilen heimischen Staat aber nicht ein Ensemble von geschmolzenen Kügelchen schaffen. In Anbetracht einer gewünschten Rückgrat-Angleichung kann Seitenkettenverpackung mit Schwankungen des Sackgasse-Beseitigungsalgorithmus entworfen werden; jedoch haben Versuche, Proteine von neuartigen Falten zu entwerfen, Schwierigkeit mit dieser Methode wegen einer Abwesenheit von plausiblen Rückgrat-Modellen.


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